Ein Ablegen und Anfragen von Daten ist mit der Datenbankabfragesprache SQL möglich. Mit PHP wird meistens MySQL als Datenbankserver eingesetzt. Jedoch ist dieses Projekt an Oracle übergegangen. Weil Oracle allerdings eine Geschäftspolitik betreibt, in welcher ein Open-Source-System schlecht leben kann, spaltete sich der Ableger (engl. Fork) MariaDB ab, der seitdem parallel zu MySQL entwickelt wird, als direkter Drop-In-Ersatz zu MySQL dient und eine bessere Performance als MySQL selbst bieten soll. Aus diesem Grunde sind einige Provider und auch unser Entwicklungsumgebunganbieter ApacheFriends mit XAMPP dazu übergegangen, MariaDB statt MySQL auszuliefern.
PHP liefert alle Befehle mit, so dass auf Datenbanken unter MySQL wie sein Pendant MariaDB einfach zugegriffen werden kann. Generell ist auch eine Unterstützung von weiteren Datenbankmanagementsystemen mitgeliefert.
MySQL gehört zu den relationalen Datenbanken. Das bedeutet, dass in dieser Datenbank Informationen in Form von Relationen abgespeichert werden. Diese Relationen bestehen aus Tabellen. Eine Datenbank hat man sich so vorzustellen, dass sie eine Vielzahl an Tabellen beinhaltet, welche über mehrere Spalten verfügen und viele Zeilen haben. Jede Zeile einer Tabelle ist ein Datensatz.
Da Tabellen mitunter sehr groß werden können, benötigt es eine lange Zeit, um sie Stück für Stück zu durchsuchen. Um dieses Problem zu lösen, sind Indexe eingeführt worden, die wie ein Schlagwortregister funktionieren, so dass schnell an die richtige Stelle gesprungen werden kann. Für jede Spalte einer Tabelle kann ein Index angelegt werden. Das Suchen nach bestimmten Werten in diesen Spalten geht dann ganz besonders schnell von statten. Allerdings ist auch Vorsicht geboten, nicht zu viele Spalten mit einem Index zu versehen. Indexe müssen nämlich bei jedem Update der Tabelle neu aktualisiert werden und verbrauchen zusätzlichen Speicherplatz auf der Festplatte.
Das relationale Datenmodell erlaubt es einzelne Tabellen zu verknüpfen und daraus virtuelle Tabellen zu erstellen, die nur für eine Abfrage existieren. Meistens wird hier ein Attribut einer Tabelle (also eine Spalte) genommen und mit einem anderen Attribut einer anderen Tabelle gleich gesetzt. So ist es zum Beispiel möglich, eine Tabelle zu pflegen, die Kundennummer und Kundendaten enthält, während eine andere Tabelle existiert, die alle Rechnungen enthält. In jeder Rechnung ist nur gespeichert, welcher Kundennummer diese zugeordnet ist. Mit Hilfe der Gleichheit der Kundennummer lassen sich beide Tabellen miteinander vereinen und so auch die übrigen Informationen über den Kunden aufrufen.