Tabellen können einen Schlüssel tragen. Ein Schlüssel kennzeichnet jeden Datensatz in der Tabelle eindeutig. Das bedeutet, dass nur wenn der Schlüssel bekannt ist, die dazugehörige Zeile in der Tabelle der Datenbank eindeutig bestimmt werden kann. Daraus folgt, dass der Schlüssel selbst auch eindeutig sein muss. Ein Schlüssel kann dabei über mehrere Tabellenspalten laufen. Gleichzeitig ist es möglich, mehrere Schlüssel in einer Tabelle zu haben. Eine Spalte kann als Primärschlüssel gekennzeichnet werden. Meist ist dies eine Spalte, die eine numerische ID des Datensatzes beinhaltet, wie beispielsweise eine Kundennummer oder eine Rechnungsnummer. Über den Primärschlüssel wird innerhalb von MySQL automatisch ein Index gelegt, um Datensätze anhand des Primärschlüssels schnell finden zu können. Primärschlüssel werden häufig künstlich angelegt. Beispiel für einen Primärschlüssel ist beispielsweise eine Kundennummer oder eine Rechnungsnummer. In SQL-Syntax wird der Primärschlüssel als PRIMARY KEY bezeichnet.
Als Fremdschlüssel wird ein Primärschlüssel bezeichnet, der in einer fremden Tabelle steht. Dieser Schlüssel selektiert den Datensatz, der den Wert des Schlüssels als Primärschlüssel trägt, so dass beide Datensätze zusammengefügt werden können.